میراث عظیم علمی و فکری امام هادی(ع) را باید در دو بخش بررسی کرد؛ یکی جایگاه علمی آن حضرت در زمان حیات و حضور یعنی پاسخگویی به مسائل، پرسش‌های علمی و شرکت در مناظره‌های علمی است که دشمنان با هدف بایکوت و تحقیر کردن حضرت(ع) ترتیب می‌دادند و تصور می‌کردند با برگزاری مناظره علمی در مقابل برخی از دانشمندان آن روزگار بتوانند حضرت را دچار مشکل کرده یا اسلام را تخریب کنند اما امام هادی(ع) با انجام مناظرات معرفتی و علمی در عصر خود نقشه‌های دشمنان را نقش بر آب می‌کرد.

بخش دیگر مربوط به میراث و آثار علمی است که در مجموع شامل احادیث، دعاها، روایت‌ها و آثار باقی مانده از امام هادی(ع) است. آن حضرت(ع) با وجود فشار سیاسی و امنیتی حکومت ستمگر عباسی روایات و احادیث گرانبهایی برای شیعیان به یادگار گذاشت که موضوع‌های مختلفی را در بر می‌گیرد.

علاوه بر احادیث و روایت‌های نقل شده از امام هادی(ع) که در کتاب‌های مختلف حدیثی ثبت شده است، بخش مهمی از میراث امام هادی(ع) زیارت‌ها و دعاهاست که زیارت جامعه کبیره مشهورترین آن‌هاست. امام(ع) در قالب این زیارت به موضوع مهم امامت پرداخته و بیش از ۱۵۰ وصف و ویژگی معصوم را بیان کرده که هر کدام نیاز به بحث، بررسی، شرح و تدوین دارد؛ زیارت‌نامه‌ای که منشور امام‌شناسی به شمار می‌رود.

زیارت دیگری که از امام هادی(ع) به یادگار مانده زیارت امیرالمؤمنین(ع) مشهور به «زیارت غدیریه» است. امام هادی(ع) در شرایطی بودند که نمی‌توانستند به صورت سخنرانی و یا احادیث، وقایع غدیر و اهمیت ولایت و امامت حضرت امیرالمؤمنین علی(ع) را برای جامعه آن روز و آیندگان بیان کنند به همین دلیل در قالب زیارت و با استفاده از آیات، روایات و مستندات تاریخی، ولایت و امامت علی(ع) را اثبات کردند. ایشان در این زیارت با بهره بردن از حدود ۴۰ آیه قرآن، امیرالمؤمنین(ع) را مورد خطاب قرار داده و وقایعی که در تاریخ اسلام به آن اذعان شده را به عنوان سندی محکم برای اثبات ولایت امیرالمؤمنین علی(ع) بیان کرده‌اند اما متأسفانه این زیارت در میان ما شیعیان کمتر شناخته شده است.